Балгышева Б.Д. работает на кафедре неорганической химии с февраля 1987 г. в должности инженера, а с 1989 г. –ст.инженера. С марта 1990 года переведена на должность младшего научного сотрудника, затем научного сотрудника и старшего научного сотрудника, с ноября 1994 года в должности ст.преподавателя, с 1998 года в должности доцента. В мае 1993г. ею была защищена кандидатская диссертация на тему “Закономерности селективности растворения фосфатных и Mg- силикатных минералов в неорганических кислотах”. В июле 1994г. была избрана в действительные члены Нью-Йоркской АН США, в 1998г. присуждено ученое звание доцента по специальности химия. В Индии Ченайском института усовершенствования преподавателей им.Тарамани Р.О. прошла обучение на английском языке по международной учебной программе “Охрана окружающей среды, менеджемент и устойчивое развитие” с 10 февраля по 7 мая 1999г. Ею была защищен проект по теме “Внести изменения в образовательную систему учебного процесса для развития новых чистых технологий на основе отходов Казахстана”. Государством Индии, Министерством образования и Институтом усовершенствования преподавателей им.Тарамани Р.О. выдан сертификат об окончании курса по охране окружающей среды, менеджменту и устойчивому развитию. В течение ряда лет Балгышева Б.Д. занимается научной работой посвященных актуальным вопросам экологии окружающей среды и комплексной переработки минерального сырья. Ею в соавторстве изданы 150 статей, 11 тезисов, 3 методических пособия для слушателей бакалавриата и магистратуры на казахском и русском языках., 6 методических пособия к лекционным и лабораторным занятиям для студентов 1-го курса. 4 работы внедрены в спец. практикум “Химия фосфорных удобрений”. Она является руководителем курсовых и дипломных работ, а также соруководителем аспиранта Далабаева Н.. Балгышева Б.Д. принимает активное участие в общественной жизни факультета и кафедры.